Pierwszym celem SKN Farmakoekonomiki jest poszerzanie wiedzy jego członków w dziedzinach takich jak: ekonomika w ochronie zdrowia, pomiar preferencji stanu zdrowia i jakości życia, analizy farmakoekonomiczne, rejestracja środków leczniczych oraz gospodarka lekami.

Aby zrealizować ten cel członkowie koła zapraszać będą ekspertów z tych dziedzin na wykłady, dzięki którym będą mogli poszerzyć swoją wiedzę.

Drugim celem Koła jest przygotowanie studentów do samodzielnej pracy naukowej

W tym celu członkowie koła organizować będą warsztaty na których będą mogli zapoznać się z praktyczną wiedzą na temat prowadzenia samodzielnej pracy naukowej. Ze szczególnym uwzględnieniem warsztatów opartych o stosowanie technologii informacyjnych i medycznych baz danych.

Trzecim celem SKN jest prowadzenia badań zgodnych z profilem koła i prezentacja wyników na konferencjach naukowych.

Realizacja tego celu odbywać się będzie poprzez udział członków Koła w projektach i pracach naukowych związanych z profilem Koła prowadzonych pod kierunkiem pracowników Zakładu Farmakoekonomiki Wydziału Farmaceutycznego Warszawskiego Uniwersytetu Medycznego oraz innych naukowców zajmujących się tą dziedziną.